太正十九年。帝都・東京において、
後に「降魔大戦」と呼ばれる戦いが勃発する。
帝都、巴里、紐育の華撃団はその脅威に果敢に立ち向かい、
そして世界は救われた。

勇敢なる華撃団、その消滅と引き換えに――

その後、降魔大戦の激闘の功績から、
華撃団の都市防衛構想は世界中に認められることとなり、
「世界華撃団連盟（WLOF(ウルフ)）」が設立。
世界各都市に華撃団が誕生していく。
各国の華撃団は、世界華撃団連盟が開催する「華撃団競技会」で、
歌劇と戦闘を競い合い、お互いの力を高めあっていた。
二年に一度の乙女たちの戦いを、
世界中は「世界華撃団大戦」として熱狂する。

それから十年の時が過ぎ、太正二十九年。
長らく華撃団が途絶えていた帝都・東京にも、帝国華撃団が復活。
新生「帝国華撃団・花組」も、世界華撃団大戦の勝利を目指し、
戦いに挑んでゆく。

しかし、友が、戦友が平和的に競い合うその祭典は、
再び世界中に現れた降魔、
そして謎の敵の登場により、「平和の祭典」から
「世界の命運をかけた戦い」に急変していく。
新主人公「神山誠十郎」率いる「新・帝国華撃団」は、
帝都の、世界の平和を守り抜き、正義を示すことができるのか。

──新たな「サクラ大戦」が、今始まる！